Le parc national compte une centaine de marais tufeux qui se caractérisent par la présence de sources pétrifiantes engendrant des concrétions calcaires. Ce sont des milieux très fragiles et près d’une cinquantaine d’entre eux sont inventoriés au sein du réseau Natura 2000.
La plus grande orchidée de Fance métropolitaine est si emblématique qu’il est difficile de confondre avec une autre. Le gros labelle jaune et renflé de ses fleurs évoque la forme d’une chaussure, ce qui lui a donné son nom. Elle est très rare et protégée au niveau national.
Le Parc national de forêts est un des plus grands espaces forestiers protégés d'Europe. Des arbres morts y sont conservés lors du renouvellement des peuplements forestiers car ils constituent des habitats propices à certains espèces comme les oiseaux, les chauves-souris, les insectes ou encore les champignons.
Emblème du Parc national de forêts, la cigogne noire se nourrit principalement de poissons comme le chabo et d'amphibiens. Elle fréquente les forêts profondes, niche dans les grands arbres proches de zones humides.
20% des cigognes noires françaises ont élu domicile dans ces forêts.
